Nació en Jerez de los Caballeros en el año 1475. Descendiente de los señores del castillo de Balboa, Villafranca, en la actual León.

Llegado al nuevo mundo se las arregló para sustituir rápidamente a Enciso como jefe de la naciente colonia de Santa María de la Antigua del Darién. En 1509, escapando de sus acreedores en Santo Domingo, se embarcó como polizón (dentro de un barril) en la expedición comandada por el Alcalde Mayor de Nueva Andalucía Martín Fernández de Enciso que salió a socorrer al gobernador Alonso de Ojeda. Pronto se reveló como un magnífico administrador, dotado además de buenas prendas militares.

Habiendo oído hablar a los indígenas de una gran extensión de agua situada más allá de las montañas, cuyas riberas eran ricas en perlas y oro, en 1513 atravesó las montañas de istmo de Panamá y vio por primera vez el océano Pacífico, del que tomó posesión en nombre del rey de España. Fue sustituido como gobernador de Castilla de Oro por Pedrarias Dávila, que le envió a descubrir los fantásticos tesoros de Dobayba. Reciente el fracaso de esta expedición, fue nombrado en 1515 adelantado de la mar del Sur bajo la autoridad de Pedrarias.

Planeó una exploración del litoral del Pacífico hacia el sur con intención de llegar al Perú, del que había oído hablar en 1513. Requerido por Pedrarias, fue acusado de crímenes imaginarios y, con la colaboración de Francisco Pizarro, fue condenado y decapitado enAcla el 15 de enero de 1519.

Vasco Núñez de Balboa fue el primer europeo en divisar el Océano Pacífico desde su costa oriental y el primer europeo en fundar una ciudad permanente en tierras continentales americanas.